พาราด็อกซ์ปล่อยภาคเสริมสำหรับ EU3 ออกมา 4 ภาคด้วยกัน โดยภาคเสริมแต่ละภาคต้องการทั้งตัวเกมดั้งเดิมและภาคเสริมที่มีมาก่อน ในเกมเวอร์ชัน ยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส 3 คอมพลีท (Europa Universalis III Complete) ประกอบด้วยตัวเกมเดิมและภาคเสริม 2 ภาคแรก อีกเวอร์ชันนึงคือ ยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส 3 (Europa Universalis III Chronicles) ครอนิเคิลส์ ที่รวมตัวเกมเดิมกับภาคเสริมทั้งหมด

นโปเลียนส์ แอมบิชัน

ในวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2550 พาราด็อกซ์ประกาศเปิดตัวภาคเสริมที่มีชื่อว่า นโปเลียนส์ แอมบิชัน (Napoleon's Ambition) และปล่อยภาคเสริมออกมาอย่างเป็นทางการในวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ผ่านแพล็ทฟอร์มเกมเมอร์สเกท ผู้ใช้สามารถดาวน์โหลดเวอร์ชันวินโดวส์ของภาคเสริมนี้ผ่านทางเกมเมอร์สเกทหรือซื้อแพ็คเกจยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส 3 คอมพลีทจากร้านค้า ภาคเสริมนี้เน้นการปรับปรุงอินเตอร์เฟซ, เพิ่มความซับซ้อนให้กับระบบการค้า, เพิ่มตัวเลือกและเพิ่มเนื้อหาเพื่อครอบคลุมระยะเวลาที่เพิ่มขึ้น เวอร์ชวล โปรแกรมมิงปล่อยนโปเลียนส์ แอมบิชันสำหรับแม็กโอเอสเท็นในวันที่ 7 ธันวาคม พ.ศ. 2550[2][3]

สิ่งที่เพิ่มขึ้นมาใน นโปเลียนส์ แอมบิชัน ได้แก่:

• ขยายระยะเวลาไปอีก 29 ปี จาก ค.ศ. 1793 ถึง 1822 ครอบคลุมระยะเวลาที่เกิดการปฏิวัติฝรั่งเศสและนโปเลียน
• ผู้นำใหม่, ผู้ปกครองใหม่, ที่ปรึกษาใหม่, ระบอบการปกครองใหม่, แนวคิดของชาติถูกเพิ่มขึ้น รวมไปถึงยูนิตใหม่อีกหลาย 10 แบบ
• เพิ่มเหตุการณ์ใหม่อีกหลายร้อยเหตุการณ์ ผู้เล่นสามารถเลือกให้ผู้นำ, ผู้ปกครองและที่ปรึกษาปรากฏขึ้นมาตามวันเวลาที่เกิดขึ้นในประวัติศาสตร์ได้
• เพิ่มบัญชีแยกประเภทไว้แสดงข้อมูลเกี่ยวกับอาณานิคมและผู้นำ รวมถึงเพิ่มแผนที่การค้าที่แสดงข้อมูลทางการค้าของแต่ละจังหวัด
• เพิ่มตัวเลือกให้ผู้เล่นสามารถย้ายเมืองหลวง นอกจากนี้ผู้เล่นยังสามารถสร้างศูนย์การค้าใหม่ หรือทำลายศูนย์การค้าที่มีอยู่ได้
• ผู้เล่นสามารถส่งพ่อค้าไปยังศูนย์การค้าต่างๆ ได้โดยอัตโนมัติ ผู้เล่นสามารถทำการทูตหรือการสงครามที่มีมูลเหตุมาจากการค้า เช่นทำการทูตหรือการสงครามเพื่อเข้าถึงตลาดโพ้นทะเล
• เพิ่มตัวเลือกที่ส่งผลต่อเกมโดยรวม ผู้เล่นสามารถปิดระบบจำลองภาวะเงินเฟ้อ ตั้งค่าให้ไม่เสียค่าใช้จ่ายในการสร้างอาณานิคม และปรับแต่งความก้าวร้าวของ AI เป็นต้น

อิน โนมีเน

ในวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2551 พาราด็อกซ์ประกาศเปิดตัวภาคเสริมตัวที่สองชื่อ อิน โนมีเน (In Nomine) และปล่อยภาคเสริมออกมาอย่างเป็นทางการในวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2551 สิ่งที่เพิ่มเข้ามาได้แก่ การขยายระยะเวลาเริ่มเกม, ปรับปรุง AI ให้มีเป้าหมายระยะยาว และเปลี่ยนแปลงระบบกบฏใหม่ให้กบฏมีเป้าหมายและความสามารถเป็นของตนเอง เวอร์ชวล โปรแกรมมิงปล่อยภาคเสริมอิน โนมีเนสำหรับแม็คโอเอสเท็นในวันที่ 18 สิงหาคม พ.ศ. 2551[4] ในภาคเสริมนี้ ผู้เล่นสามารถเริ่มเกมได้ตั้งแต่ ค.ศ. 1399 หลังพิธีราชาภิเษกของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 แห่งอังกฤษ เนื่องจากระยะเวลาของเกมร่นไปกว่าเดิม ทำให้มีประเทศอย่างจักรวรรดิไบแซนไทน์และจาเลอิริดส์, ผู้นำอย่างตีมูร์และเหตุการณ์อย่าง ช่วงปลายสงครามร้อยปี ปรากฏขึ้นมาในเกม

ข้อแตกต่างสำคัญจากภาคที่แล้วคือ การเพิ่มระบบการติดสินใจให้ผู้เล่นสามารถเลือกตัดสินใจในสิ่งที่ส่งผลต่ออนาคตของประเทศ เช่นการสถาปนาสหราชอาณาจักร, การตราพระราชกฤษฎีกานองซ์ และการก่อตั้งบริษัทอินเดียตะวันออก ผู้เล่นสามารถตัดสินใจได้ทั้งในระดับประเทศและระดับจังหวัด การตัดสินใจมีหลายร้อยการตัดสินใจ โดยแต่ละการตัดสินใจขึ้นอยู่กับสถานการณ์ของประเทศในเวลานั้น (เช่นศาสนาประจำชาติ เป็นต้น)

ระบบใหม่อีกระบบที่เพิ่มขึ้นมาคือระบบภารกิจ โดยทั้งผู้เล่นมนุษย์และ AI ต่างก็ได้เป้าหมายให้บรรลุ เช่นภารกิจพิชิตไอร์แลนด์ของอังกฤษ บังคับลอแรนให้เป็นประเทศราชของฝรั่งเศส ปลดปล่อยดินแดนที่เป็นของประชาชน หรืออ้างสิทธิ์ในดินแดนอื่นด้วยกำลังทางทหาร

อิน โนมีเนปรับปรุงระบบกบฏใหม่ ทำให้กบฏมีจุดหมาย แบ่งออกได้เป็นสิบๆ ประเภท (เช่นกบฏคลั่งศาสนา, กบฏรักชาติ, กบฏชาวนา เป็นต้น) โดยกบฏแต่ละประเภทก็จะมีจุดหมายและความสามารถที่แตกต่างกัน ยกตัวอย่างเช่นถ้ากบฏรักชาติสามารถยึดจังหวัดมาได้ จะทำให้จังหวัดนั้นมีโอกาสเกิดกบฏมากขึ้น และเสี่ยงต่อการแปรพักตร์ กบฏประเภทอื่นๆ เช่นกบฏอาณานิคมที่ต้องการประกาศเอกราช หรือกบฏขุนนางที่ต้องการลดอำนาจไพร่และเพิ่มอำนาจให้ตนเอง คุณสามารถเลือกที่จะปราบกบฏ เจรจากับกบฏ หรือปล่อยกบฏไว้จนพวกเขาสามารถบังคับให้คุณทำตามข้อเรียกร้องได้

ความยอมรับในการนับถือศาสนาถูกเปลี่ยนจากการปรับแต่งแถบเลื่อนไปเป็นระบบที่ขึ้นอยู่กับแนวคิดของชาติและการตัดสินใจ อำนาจของผู้ควบคุมพระสันตปาปาเพิ่มมากขึ้น ทำให้ผู้ควบคุมสันตะปาปาสามารถประกาศให้ผู้ปกครองประเทศอื่นถูกตัดออกจากศาสนา และเรียกร้องให้มีการทำสงครามครูเสดกับประเทศที่ไม่ได้นับถือศาสนาคริสต์ ซึ่งจะส่งผลดีกับประเทศคาธอลิกที่ทำสงครามกับเป้าหมายครูเสด

อิน โนมีเนยังนำเสนอระบบอาณานิคมใหม่ที่เป็นตัวกำหนดว่าผู้เล่นจะสามารถสร้างอาณานิคมที่ใดได้ โดยอ้างอิงจากระยะห่างระหว่างพื้นที่ที่ต้องการสร้างอาณานิคมกับท่าเรือที่ใกล้ที่สุด เพิ่มการเลือกตั้งในประเทศระบอบสาธารณรัฐ, เพิ่มตัวเลือกในการใช้ยุทธวิธี Scorched earth และตัวเลือกใหม่ในการเลือกภารกิจของสายลับ

ภาคเสริมนโปเลียนส์ แอมบิชัน กับอิน โนมีเน รวมกับตัวเกมเดิมอยู่ใน ยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส 3 คอมพลีท

แอร์ทูเดอะโธรน

ในวันที่ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2552 พาราด็อกซ์ประกาศเปิดตัวภาคเสริมที่สามที่มีชื่อว่า แอร์ทูเดอะโธรน (Heir to the Throne) และวางจำหน่ายเวอร์ชันวินโดวส์ในวันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2552 และเพิ่มฟีเจอร์ใหม่ขึ้นมาตามคำเรียกร้องของสมาชิกในบอร์ดผู้พัฒนาเกม โดยเฉพาะระบบเกี่ยวกับการแต่งงานระหว่างราชวงศ์ เวอร์ชวล โปรแกรมมิงวางจำหน่ายเวอร์ชันแม็คโอเอสเท็นในวันที่ 24 พฤษภาคม พ.ศ. 2553[5]

สิ่งที่เพิ่มเข้าไปมาในแอร์ทูเดอะโธรนได้แก่:

• ระบบเหตุแห่งสงครามใหม่ ทำให้แต่ละสงครามที่เป้าหมายที่ชัดเจน
• เพิ่มราชวงศ์ให้กับผู้ปกครองที่เป็นกษัตริย์ ซึ่งส่งผลอย่างมากต่อระบบการทูต
• เพิ่มบทบาทให้กับระบบจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ และสภาปกครองโรมัน
• เพิ่มตัวเลือกพิเศษทางการทูตให้กับวาณิชสาธารณรัฐ (Merchant republic)
• กำหนดความสนใจของชาติไปยังจังหวัดใดจังหวัดหนึ่งเพื่อเพิ่มอัตราการเติบโตและเสริมความแข็งแกร่งในภูมิภาคโดยรอบ
• ดินแดนที่ไม่รู้จัก (Terra Incognita) แบบถาวร ถูกเปลี่ยนให้เป็นพื้นที่ที่ผ่านไปไม่ได้
• เพิ่มระบบประเพณีทางวัฒนธรรม ทำให้สามารถจ้างที่ปรึกษาที่ความสามารถสูงได้ โดยความสามารถที่ได้จะแปรผันตามประเพณี
• เพิ่มระบบเขตอิทธิพล (Sphere of Influence) ทำให้มหาอำนาจสามารถเพิ่มประเทศที่เล็กกว่าเข้าไปในเขตอิทธิพล สร้างมูลเหตุแห่งสงครามให้กับมหาอำนาจนั้นถ้าชาติอื่นเข้ามาติดต่อกับรัฐในเขตอิทธิพล
• เพิ่มเจ้าหนาที่ปกครองขึ้นมา ทำให้สามารถทำการตัดสินใจใหม่ๆ และทำการปฏิรูปจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์

ดิไวน์ วินด์

ในวันที่ 27 พฤษภาคม พ.ศ. 2553 ทีมงานพาราด็อกซ์ได้ทำการตั้งกระทู้โพลในบอร์ด โดยเสนอให้สมาชิกสามารถลงคะแนนให้กับเกมที่อยากให้สร้างภาคเสริมใหม่ ตัวเลือกก็มีภาคเสริมของยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส 3, ยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส: โรม, ฮาร์ทส์ ออฟ ไอเอิร์น 3 และวิคตอเรีย ผลคือ ยูโรปา ยูนิเวอร์ซาลิส 3 ชนะโพลด้วยคะแนน 46% โดยภาคเสริมใหม่จะเน้นการเพิ่มเนื้อหาให้กับพื้นที่นอกทวีปยุโรป ในวันที่ 9 กันยายน พาราด็อกซ์ประกาศเปิดตัวภาคเสริมที่มีชื่อว่า ดิไวน์ วินด์ (Divine Wind)[6] ในวันที่ 30 พฤศจิกายน จึงเปิดให้สั่งซื้อล่วงหน้า[7] และในวันที่ 14 ธันวาคม พ.ศ. 2553 จึงวางจำหน่าย เวอร์ชวล โปรแกรมมิงพอร์ท ดิไวน์ วินด์ ลงแม็คโอเอสเท็นและวางจำหน่ายในวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2554[8]

สิ่งที่เพิ่มเข้ามาในดิไวน์ วินด์ ได้แก่

• เพิ่มรายละเอียดให้กับแผนที่ใหม่ เพิ่มจังหวัดและปรับปรุงกราฟิก
• ผู้เล่นสามารถเลือกเล่นเป็นหนึ่งในสี่ไดเมียว ของญี่ปุ่น แข่งขันเพื่อตำแหน่งโชกุน มีอิทธิพลเหนือจักรพรรดิ และรวมญี่ปุ่นเป็นหนึ่งเดียว
• เล่นเป็นราชวงศ์หมิง และจัดการกับก๊กต่างๆ เพื่อรักษาอาณัติสวรรค์
• ปรับปรุงระบบการทูต เพิ่มตัวเลือกสำหรับพันธมิตรและการตกลงสันติภาพ
• ปรับปรุงระบบเขตอิทธิพล, ประเทศราช และจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์
• นำเสนอระบบสิ่งก่อสร้างที่ทำให้ผู้เล่นสามารถควบคุมทิศทางการพัฒนาของแต่ละจังหวัดได้
• ปรับปรุงระบบการค้า
• เพิ่มระบอบการปกครองแบบฮอร์ด (Horde) สำหรับชนเร่ร่อนในทุ่งหญ้าสเตปป์
• เพิ่มระบบ Achievement โดยมีกว่า 50 รายการให้ผู้เล่นปลดล็อก